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Per il conseguimento dei suoi scopi, il Museo di Scienze Naturali dell’Alto Adige opera in stretto contatto con diverse istituzioni affini con le quali organizza progetti ed esposizioni scientifiche, redige pubblicazioni, programma convegni, conferenze e scambi continui.

Strutture museali:

Landesmuseum Ferdinandeum Innsbruck
http://www.tiroler-landesmuseum.at/
Naturhistorisches Museum Wien
http://www.nhm-wien.ac.at/
MUSE Museo delle Scienze
http://www.muse.it/
Museo Civico di Rovereto
http://www.museocivico.rovereto.tn.it/
Naturmuseum Olten
http://www.naturmuseum-olten.ch/
Oberösterreichisches Landesmuseum (Biologiezentrum)
http://www.biologiezentrum.at/de/bz
Naturkunde Museum Leiden
http://www.naturalis.nl/

Università:

Institut für Geologie und Paläontologie der Univ. Innsbruck
http://info.uibk.ac.at/c/c7/c715
Institut für Botanik der Universität Innsbruck
http://botany.uibk.ac.at/
Institut für Zoologie der Universität Innsbruck
http://www.uibk.ac.at/zoology/
Institut für Ökologie und Biodiversität der Universität Innsbruck
http://www.uibk.ac.at/ecology/details.html.de
Istituto di Geologia dell'Università di Ferrara
http://web.unife.it/dipartimento/scienze_terra/index.htm
Institut für Botanik der Universität Wien
http://www.botanik.univie.ac.at/
Institut für Paläoökologie der Universität Utrecht
http://www.bio.uu.nl/~palaeo/index.html
Istituto di Geologia dell'Università di Milano
http://www.gp.terra.unimi.it/
Istituto di Botanica dell'Università di Trieste 
http://www.univ.trieste.it/
Abteilung für Geo- und Umweltwissenschaften der Ludwig-Maximilians-Universität München
http://www.iaag.geo.uni-muenchen.de/
Botanischer Garten und botanisches Museum der Freien Universität Berlin
http://www.botanischer-garten-berlin.de/
Botanischer Garten der Friederich-Schiller-Universität Jena
http://www2.uni-jena.de/biologie/spezbot/botgar/botgar.html
Giordano Botanico dell'Università di Padova
http://www.ortobotanico.unipd.it/
Università di Roma „La Sapienza“
http://www.ips.it/musis/main_mus.html

Altre:

Accademia Europea di Bolzano 
http://www.eurac.edu/index
Ripartizione Natura e Paesaggio della Provincia di Bolzano - Alto Adige
http://www.provinz.bz.it/natur/index_d.asp
Ripartizione Foreste della Provincia di Bolzano - Alto Adige
http://www.provinz.bz.it/forst/index_d.asp
Ripartizione Cultura
http://www.provinz.bz.it/Kulturabteilung/kultur/index_d.asp
Laboratorio provinciale di Biologia
http://www.provinz.bz.it/umweltagentur/2909/index_d.asp
Istituto di Geologia e Scienza dei materiali della Provincia di Bolzano - Alto Adige
http://www.provinz.bz.it/hochbau/1106/index_d.asp
Federazione Provinciale dei circoli mineralogici e paleontologici Alto Adige
http://www.mineralien-suedtirol.it/
Aquaprad
http://naturatrafoi.com/aquaprad
Istituto pedagogico provinciale tedesco
http://www.schule.suedtirol.it/pi
Istituto pedagogico provinciale italiano
http://www.provincia.bz.it/ipi
Istituto pedagogico provinciale ladino
http://www.istitut.pedagogich.it/62.html
Intendenza scolastica italiana
http://www.provinz.bz.it/intendenza-scolastica
Intendenza scolastica tedesca
http://www.schule.suedtirol.it/Landesschulamt